protein language models

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RESEARCHarXiv CS.LG·il y a 29j

Conditional generation of antibody sequences with classifier-guided germline-absorbing discrete diffusion

Cette recherche introduit une nouvelle approche pour la génération conditionnelle de séquences d'anticorps, abordant les limites des modèles de langage de protéines actuels en modélisant mieux la variation somatique et en permettant une génération guidée par classificateur flexible. Elle propose le réglage fin par diffusion discrète et la diffusion absorbante de la lignée germinale pour améliorer la conception d'anticorps.

Antibody Design Diffusion Models computational biology protein language models

RESEARCHarXiv CS.LG·il y a 27j

Structural Interpretations of Protein Language Model Representations via Differentiable Graph Partitioning

Cette recherche propose un cadre pour interpréter les représentations des modèles de langage de protéines en les projetant sur des graphes de contact protéiques et en appliquant SoftBlobGIN, un Réseau d'Isomorphisme de Graphes. Cette méthode effectue un passage de messages sensible à la structure pour apprendre des sous-structures fonctionnelles, atteignant 92,8% de précision dans la classification des enzymes et fournissant des explications structurelles auditables.

AI interpretation protein language models structural biology Graph Neural Networks