protein language models

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RESEARCHarXiv CS.LG·29d atrás

Conditional generation of antibody sequences with classifier-guided germline-absorbing discrete diffusion

Esta pesquisa introduz uma nova abordagem para a geração condicional de sequências de anticorpos, superando as limitações dos modelos de linguagem de proteínas existentes ao modelar melhor a variação somática e permitir a geração guiada por classificadores flexíveis. Ela propõe ajuste fino por difusão discreta e difusão absorvente da linha germinativa para melhorar o design de anticorpos.

Antibody Design Diffusion Models computational biology protein language models

RESEARCHarXiv CS.LG·27d atrás

Structural Interpretations of Protein Language Model Representations via Differentiable Graph Partitioning

Esta pesquisa propõe uma estrutura para interpretar representações de modelos de linguagem proteica, projetando-as em grafos de contato proteicos e aplicando SoftBlobGIN, uma Rede de Isomorfismo de Grafo. Este método realiza a passagem de mensagens ciente da estrutura para aprender subestruturas funcionais, alcançando 92,8% de precisão na classificação de enzimas e fornecendo explicações estruturais auditáveis.

AI interpretation protein language models structural biology Graph Neural Networks